viQC: быстрый и наглядный контроль качества хроматомасс-спектрометрических данных протеомного анализа
T16N1
Елизавета Михайловна Соловьева, Анна Александровна Лобас,
Алексей Константинович Сурин, Лев Игоревич Левицкий,
Владимир Александрович Горшков, Михаил Владимирович Горшков
Благодаря бурному развитию масс-спектрометрии, высокопроизводительный протеомный анализ стал неотъемлемой частью биомедицинских исследований. Однако, наряду с совершенствованием инструментальных методов протеомного анализа, возрастает роль контроля качества получаемых экспериментальных данных. Актуальность этой проблемы была давно осознана научным сообществом и в последние годы было разработано множество комплексных алгоритмов контроля эффективности всех стадий получения данных. В основе большинства предложенных алгоритмов лежит использование больших наборов параметрических метрик, интерпретация которых требует значительного опыта и глубоких знаний. Более того, многие из них используют информацию об идентифицированных спектрах, что увеличивает время анализа, а также вносит дополнительную неопределенность, связанную с параметрами поисковых алгоритмов. В работе предложен набор простых и наглядных метрик качества протеомного анализа, таких как общее время и количество сканов, времена накопления и интенсивности ионов в масс-спектрах первого и второго уровня, распределение по зарядовым состояниям ионов-предшественников и количество последовательных сканов второго уровня. Также, разработана утилита открытого кода viQC (hg.theorchromo.ru/viQC), реализующая предложенный подход. На примере экспериментальных данных, полученных на трех различных масс-спектрометрах с орбитальной ионной ловушкой, продемонстрирована работа предложенного подхода и утилиты viQC для повышения качества и глубины панорамных протеомных анализов.
