Идентификация пептидов в «скорострельной» протеомике методами тандемной масс-спектро метрии
T12N1
Идентификация пептидов в «скорострельной» протеомике
методами тандемной масс-спектро метрии: сравнение
поисковых алгоритмов
М.В. Иванов, Л.И. Левицкий, А.А. Лобас,
И.А. Тарасова, М.Л. Придатченко, В.Г. Згода,
С.А. Мошковский, Г. Митулович, М.В. Горшков
Методы высокопроизводительной протеомики получили в последние годы широкое распространение в различных областях биологических наук. Одной из основных задач протеомики является определение белкового состава исследуемого образца путем хроматомасс-спектрометрического анализа смесей протео — литических пептидов, полученных после специфического гидролиза белков. Сложность и объем получаемых в рамках одного измерения экспериментальных данных требуют автоматизированной обработки с помощью специально развиваемых для этой цели биоинформационных ресурсов. Одним из основных из них является так называемая протеомная поисковая машина (ППМ), с помощью которой производится идентификация присутствующих в образце белков путем сравнения экспериментальных масс-спектров пептидов с теоре — тическими, сгенерированными из белковой базы данных исследуемого организма. Получаемые поисковой машиной идентификации индексируются алгоритмом сравнения масс-спектров в соответствии с уровнем достоверности полученных совпадений. Целью данной работы являлось сравнение различных поисковых алгоритмов на примере анализа сложных смесей белков, включая аннотированные белковые стандарты и клинические образцы. В работе сравнивались три широко используемых алгоритма: коммерческая ППМ Mascot, ППМ открытого кода X!Tandem и OMSSA. Сравнение показало, что в большинстве случаев поисковый алгоритм OMSSA идентифицирует меньшее число белков, а результаты, полученные с помощью X!Tandem и Mascot, сопоставимы: сравнение получаемых идентификаций не выявило каких-либо конкурентных преиму — ществ коммерческой поисковой машины Mascot по сравнению с ее некоммерческим аналогом.
