Идентификация пептидов по хроматомасс-спектрометрическим данным
T5N1
Идентификация пептидов
по хроматомасс-спектрометрическим данным
с использованием расчета времен удерживания
И.А. Тарасоваа, Р.А. Зубаревб, А.А. Голобородьков, А.В. Горшковг,
М.В. Горшкова
аИнститут энергетических проблем химической физики РАН,
Ленинский пр. 38, к. 2, 119334 Москва, Россия. E-mail: gorshkov@chph.ras.ru
бBMMS, BioMedical Center, Uppsala University, Husargatan, 3, SE-75 237 Uppsala,
Sweden.
вМосковский физико-технический институт,
Институтский пер. 9, Долгопрудный, Московская область, Россия.
гИнститут химической физики им. Н.Н. Семенова РАН, ул. Косыгина 4,
119334 Москва, Россия.
Поступила в редакцию 21.01.2008 г.
Масс-спектрометрия в сочетании с жидкостной хроматографией является одним из наиболее распространенных методов исследования в задачах секвенирования и идентификации белков и пептидов. При этом поиск совпадений по базам данных основан только на масс-спектрометрических данных, а оценка случайности этих совпадений и отбор достоверных пептидных идентификаций происходит с использованием различных вероятностных алгоритмов. Однако, в последнее время, благодаря развитию моделей предсказания времени удерживания, стало возможным использование при определении аминокислотных последовательностей пептидов и хроматографических данных, что позволяет повысить достоверность получаемых результатов. В данной работе оцениваются возможности модели предсказания хроматографических времен удерживания биомакромолекул, основанной на концепции жидкостной хроматографии в критических условиях для решения задачи идентификации пептидов. Обсуждаются несколько вариантов использования модели на различных стадиях процесса идентификации: (1) непосредственно при поиске, когда модель интегрирована в поисковую машину; (2) при выборе наиболее достоверной идентификации из всего списка совпадений, найденных во время поиска; или, (3) на стадии проверки окончательных результатов поиска, выданных поисковой машиной. Демонстрация модели была проведена с использованием экспериментальных данных, полученных для бактерии E.Coli. Экспериментальная часть была выполнена на масс-спектрометре LTQ-FT (ThermoFisher, Germany), соединенном с нанохроматографом Agilent 1100 (Agilent, USA), поиск по базам данных выполнен при помощи программы Mascot.
