Альтернативные способы проверки масс-спектрометрических методов идентификации пептидов
T7N1
Альтернативные способы проверки
масс-спектрометрических методов идентификации
пептидов в задачах «скорострельной» протеомики
Антон Андреевич Голобородько1, Корина Майерхофер2,
Александр Романович Зубарев2, Ирина Алексеевна Тарасова1,
Александр Владимирович Горшков3, Роман Александрович Зубарев2,
Михаил Владимирович Горшков1
1 Учреждение Российской академии наук
Институт энергетических проблем химической физики РАН,
Россия, 119334, Москва, Ленинский пр., 38, корп. 2,
E-mail: gorshkov@chph.ras.ru
2 Laboratory for Biological and Medical Mass Spectrometry,
Biological and Medical Center, Uppsala University,
Sweden, Uppsala, Box 583, S-75 123, E-mail: Roman.Zubarev@ki.se
3 Учреждение Российской академии наук
Институт химической физики им. Н.Н. Семенова РАН
Россия, 119991, Москва, ул. Косыгина, 4
Поступила в редакцию 07.10.2009 г.; после переработки — 02.12.2009 г.
В настоящее время стандартным в «скорострельной» протеомике является метод поиска по белковой базе данных, в котором для идентификации пептидов используются только масс-спектрометрические данные. В данной работе представлены три критерия оценки достоверности идентифицированных пептидных последовательностей, основанные на анализе данных, ортогональных к тандемным масс-спектрам. Первый из них использует хроматографические времена удерживания пептидов. Развитие подобных подходов ранее сдерживалось недостаточной точностью методов предсказания результатов хроматографического эксперимента. В данной работе предложен подход с одновременным использованием двух независимых моделей жидкостной хроматографии пептидов, что повышает надежность полученных результатов. Второй критерий основан на анализе среднего количества пропущенных точек протеолиза в идентифицированных пептидах. Третий критерий построен на различии теоретической и экспериментальной масс идентифицированных пептидов. Предложенные критерии были применены к тандемным масс-спектрам триптических пептидов почки крысы, обработанных при помощи поисковой программы Mascot. Все три критерия согласованно показали, что поисковая машина Mascot в среднем значительно завысила оценки достоверности идентифицированных последовательностей. Этот вывод был независимо подтвержден с помощью алгоритма PeptideProphet.
