Выявление дифференциальных признаков плоскоклеточного рака легкого
T8N2
Выявление дифференциальных признаков
плоскоклеточного рака легкого с помощью
масс-спектрометрического профилирования
плазмы крови
Михаил Алексеевич Пятницкий1, Андрей Валерьевич Лисица1,
Сергей Александрович Мошковский1, Наталья Евгеньевна Арноцкая2,
Бахром Бахтиерович Ахмедов2, Давид Георгиевич Заридзе2,
Борис Евсеевич Полоцкий2, Валерий Евгеньевич Шевченко2
1 Учреждение Российской академии медицинских наук
Научно-исследовательский институт биомедицинской химии
им. В.Н. Ореховича РАМН,
Россия, 119121, Москва, Погодинская ул., 10
2 Учреждение Российской академии медицинских наук
Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина РАМН,
Россия, 114478, Москва, Каширское шоссе, 24,
E-mail: vshev@nm.ru
Поступила в редакцию 24.01.2011 г.; после переработки — 04.04.2011 г.
В настоящей работе осуществлен поиск потенциальных биомаркеров плоскоклеточного рака легкого путем профилирования низкомолекулярного протеома (1–20 кДа) плазмы крови. Профилирование осуществляли с использованием роботизированной пробоподготовки с последующей времяпролет- ной масс-спектрометрией с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией. Выборка состояла из 152 образцов плазмы крови больных плоскоклеточным раком легкого и 185 контрольных образцов. Для анализа полученных профилей применяли метод опорных векторов, реализованный в программе ClinProTools 2.0 и в свободно распространяемом языке для статистического анализа R. Показано, что оригинальное программное обеспечение на языке R предоставляет более широкие возможности для поиска потенциальных биомаркеров (пиков масс-спектра) по сравнению с пакетом ClinProTools 2.0. В результате проведенного исследования выявлен набор из 15 пиков масс-спектра, дифференцирующих образцы плазмы крови больных плоскоклеточным раком легкого и контроль- ные образцы. Найденный набор пиков масс-спектра может в перспективе использоваться для ран- ней диагностики этого заболевания.