viQC: быстрый и наглядный контроль качества хроматомасс-спектрометрических данных протеомного анализа

T16N1

Елизавета Михайловна Соловьева, Анна Александровна Лобас,
Алексей Константинович Сурин, Лев Игоревич Левицкий,
Владимир Александрович Горшков, Михаил Владимирович Горшков

Благодаря бурному развитию масс-спектрометрии, высокопроизводительный протеомный анализ стал неотъемлемой частью биомедицинских исследований. Однако, наряду с совершенствованием инструментальных методов протеомного анализа, возрастает роль контроля качества получаемых экспериментальных данных. Актуальность этой проблемы была давно осознана научным сообществом и в последние годы было разработано множество комплексных алгоритмов контроля эффективности всех стадий получения данных. В основе большинства предложенных алгоритмов лежит использование больших наборов параметрических метрик, интерпретация которых требует значительного опыта и глубоких знаний. Более того, многие из них используют информацию об идентифицированных спектрах, что увеличивает время анализа, а также вносит дополнительную неопределенность, связанную с параметрами поисковых алгоритмов. В работе предложен набор простых и наглядных метрик качества протеомного анализа, таких как общее время и количество сканов, времена накопления и интенсивности ионов в масс-спектрах первого и второго уровня, распределение по зарядовым состояниям ионов-предшественников и количество последовательных сканов второго уровня. Также, разработана утилита открытого кода viQC (hg.theorchromo.ru/viQC), реализующая предложенный подход. На примере экспериментальных данных, полученных на трех различных масс-спектрометрах с орбитальной ионной ловушкой, продемонстрирована работа предложенного подхода и утилиты viQC для повышения качества и глубины панорамных протеомных анализов.

Назад к содержанию

Выбор условий регистрации и исследование фрагментации пептидного биомаркера зарина методом высокоэффективной жидкостной хроматомасс-спектрометрии высокого разрешения

T15N1

Андрей Николаевич Ставрианиди, Аркадий Владимирович Браун,
Елена Алексеевна Стекольщикова, Тимур Муратович Байгильдиев,
Игорь Александрович Родин, Игорь Владимирович Рыбальченко

Идентификация белковых биомаркеров поражения отравляющими веществами предполагает их достоверное детектирование на уровне следовых количеств в плазме крови. Это может быть реализовано благодаря применению современной жидкостной хроматомасс-спектрометрии. Существующие подходы основаны на расщеплении фосфорилированного альбумина и образовании аддуктов алкилметилфосфоновых кислот с тирозином, структура которых связана с типом применяемого химического агента. В настоящем исследовании показана возможность обнаружения в плазме крови человека трипептида, модифицированного остатком зарина, получаемого при проведении трипсинолиза альбуминового аддукта зарина. Изучение путей фрагментации определяемого соединения позволило выявить характерные особенности диссоциации, которые могут быть использованы для поиска других биомаркеров применения отравляющих веществ. Предложены условия регистрации наиболее интенсивных ионных переходов для быстрого скрининга проб плазмы крови на содержание альбуминового аддукта зарина методом фильтрации с проведением трипсинолиза

Назад к содержанию

Характеристика продуктов дезинфекции водопроводной воды г. Архангельска методом жидкостной хроматографии / масс-спектрометрии высокого разрешения

T14N4

Дмитрий Сергеевич Косяков, Николай Валерьевич Ульяновский,
Марк Сергеевич Попов, Томас Борисович Латкин, Альберт Тарасович Лебедев

Дезинфекция питьевой воды хлорсодержащими реагентами ведет к образованию большого количества побочных продуктов, являющихся результатом хлорирования природного растворенного органического вещества. Методом высокоэффективной жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии высокого разрешения с предварительным твердофазным концентрированием на полимерном сорбенте изучен компонентный состав галогенсодержащих побочных продуктов дезинфекции водопроводной воды г. Архангельска. Обнаружено 14 хлор- и броморганических соединений, относящихся к классам галогенированных фенолов, ароматических кислот и карбонилсодержащих соединений, хлорзамещенных азотсодержащих гетероциклических соединений. На основе анализа спектров данных МС/МС предложены возможные структуры обнаруженных продуктов дезинфекции.

Назад к содержанию

Стереоспецифичная фрагментация полигидроксистероидов морских звезд в условиях масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением

T13N1

Р.С. Попов, П.С. Дмитренок

Читать полностью

GroupFilter: программное решение проблемы дискриминации идентификаций масс-спектров высокого разрешения при работе поискового алгоритма Morpheus

T12N4

Марк Витальевич Иванов, Лев Игоревич Левицкий,
Анна Александровна Лобас, Михаил Владимирович Горшков Читать полностью

Определение флавоноидов горянки методом высокоэффективной жидкостной хроматографии с тандемным масс-спектрометрическим детектированием

T12N2

Олеся Александровна Шевлякова, Кирилл Юрьевич Васильев,
Андрей Александрович Ихалайнен, Андрей Михайлович Антохин,
Виктор Фёдорович Таранченко, Валерий Михайлович Гончаров,
Алексей Вадимович Аксенов, Дмитрий Александрович Митрофанов,
Игорь Александрович Родин, Олег Алексеевич Шпигун

C использованием метода жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии разработан способ одновременного определения икариина, икаритина, икаризидов I, II и эпимединов A, В, C в экстрактах из растительного сырья и продуктах на их основе. Проведена апробация предложенного подхода на экстракте, чае и настойке на основе горянки. Предел обнаружения составил 5×10−4 мкг мл−1. Детектирование осуществляли методом тандемной масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением в режиме регистрации выделенных ионных переходов для положительных ионов.

Читать полностью

Масс-спектры электрораспылительной ионизации производных 2-фенилтио-N-трифторацетил — нейраминовой кислоты

Вернуться к оглавлению

T12N1

Масс-спектры электрораспылительной ионизации
производных 2-фенилтио-N-трифторацетил -
нейраминовой кислоты

А.О. Чижов, Н.М. Подвальный, А.И. Зинин,
Н.Н. Малышева, Л.О. Кононов Читать полностью

Идентификация пептидов в «скорострельной» протеомике методами тандемной масс-спектро метрии

Вернуться к оглавлению

T12N1

Идентификация пептидов в «скорострельной» протеомике
методами тандемной масс-спектро метрии: сравнение
поисковых алгоритмов

М.В. Иванов, Л.И. Левицкий, А.А. Лобас,
И.А. Тарасова, М.Л. Придатченко, В.Г. Згода,
С.А. Мошковский, Г. Митулович, М.В. Горшков Читать полностью

Применение тандемной масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением для идентификации икариина в растительном сырье

T11N4

Применение тандемной масс-спектрометрии
с ионизацией электрораспылением для идентификации
икариина в растительном сырье

Олеся Александровна Шевлякова¹, Андрей Александрович Ихалайнен¹,
Андрей Михайлович Антохин¹, Виктор Федорович Таранченко¹,
Валерий Михайлович Гончаров¹, Алексей Вадимович Аксенов¹,
Дмитрий Александрович Митрофанов¹, Игорь Александрович Родин²,
Олег Алексеевич Шпигун^{2 Читать полностью}

Pepxmltk — программа для конвертации результатов идентификации пептидов

T11N3

Pepxmltk — программа для конвертации результатов
идентификации пептидов на основе данных тандемной
масс-спектрометрии с использованием поискового
алгоритма X!Tandem

Марк Витальевич Иванов^1,2, Лев Игоревич Левицкий^1,2,
Ирина Алексеевна Тарасова¹, Михаил Владимирович Горшков^{1,2 Читать полностью}