Сравнение «низкомолекулярного» и устоявшегося подходов к видовой идентификации бактерий методом масс-спектрометрии МАЛДИ
T13N4
Борис Львович Мильман, Владимир Валерьевич Гостев,
Александр Валентинович Дмитриев
Проведено сравнение нового подхода к идентификации бактерий, который заключается в использовании программы, предназначенной для построения библиотек масс-спектров низкомолекулярных соединений и поисков в таких библиотеках, с устоявшимся подходом, основанным на коммерческой программе и базе данных Biotyper. Результаты получены для случайной выборки, составляющей 100 масс-спектров 25 штаммов видов S. pyogenes, S. dysgalactiae subsp. equisimilis и S. anginosus, из соответствующей базы данных, насчитывающей 728 масс-спектр 182 штаммов нескольких видов рода Streptococcus. Продемонстрировано, что оба подхода дают близкие результаты идентификации: 80–88 % правильных результатов. При аналогичных справочных масс-спектрах и одинаковых критериях идентификации результаты очень близки (24 совпадения из 25 штаммов). Это обусловлено тем, что различные оценки сходства спектров, заложенные в сравниваемые программы, приводят к коррелирующим показателям сходства, а различие в результатах идентификации определяется в первую очередь несовпадением справочных баз данных, а также разными критериями идентификации.
«Низкомолекулярный» подход к идентификации микроорганизмов методом масс-спектрометрии МАЛДИ
T13N3
Борис Львович Мильман, Юрий Юрьевич Ильясов,
Наталья Владимировна Луговкина, Анна Александровна Головина,
Александр Валентинович Дмитриев
Предложен новый подход к идентификации микроорганизмов (бактерий), который заключается в преобразовании их масс-спектров МАЛДИ с уменьшением масштаба шкалы масс на порядок величины и использовании стандартной программы, предназначенной для построения библиотек масс-спектров низкомолекулярных соединений и поисков в таких библиотеках. Создана библиотека из 728 преобразованных (демасштабированных) масс-спектров 182 штаммов нескольких видов рода Streptococcus. Библиотека использована для оценки правильности идентификации микроорганизмов путем кросс-сравнения масс-спектров (внутренняя валидация метода). Правильность идентификации трех видов Streptococcus составляет 84 %, что соответствует среднему уровню правильности видовой идентификации, достигнутой при использовании масс-спектрометрии МАЛДИ и описанной в литературе. Предложенный подход к бактериальной идентификации рассматривается как основа перспективного метода выбора при решении обсуждаемых идентификационных проблем.
Надежность идентификации модельных трипептидов с использованием электрораспылительной и тандемной масс-спектрометрии
T3N1
Надежность идентификации модельных трипептидов
с использованием электрораспылительной и
тандемной масс-спектрометрии при сравнении
со справочными и теоретическими спектрами
Б.Л. Мильман Читать полностью
Письмо в редакцию Избранная статистика использования библиотек масс-спектров
T11N2
Борис Львович Мильман1, Инна Константиновна Журкович2
1 ФГБУ «Научно-исследовательский институт экспериментальной медицины» СЗО РАМН
Россия, 197376, Санкт-Петербург, ул. акад. Павлова, 12,
E-mail: bmilman@mail.rcom.ru; bormilman@yandex.ru
2ФГБУН «Институт токсикологии ФМБА России»,
Россия, 192019, Санкт-Петербург, ул. Бехтерева, 1,
E-mail: zhurkovich@toxicology.ru
Поступила в редакцию 13.04.2014 г.; после переработки – 04.05.2014 г.
