Предсказательная жидкостная хроматография пептидов на основе гидрофильных взаимодействий в задачах масс-спектрометрического анализа протеомов

T14N2

Анна Александровна Лобас, Лев Игоревич Левицкий1, Андреас Фихтенбаум,
Алексей Константинович Сурин, Марина Леонидовна Придатченко,
Горан Митулович, Александр Владимирович Горшков, Михаил Владимирович Горшков

Высокоэффективная жидкостная хроматография, в том числе ее многомерные реализации, широко используется для разделения сложных пептидных смесей перед масс-спектрометрическим протеомным анализом. В двумерной хроматографии наиболее часто используемым подходом является сочетание разделения на стандартных обращенных фазах с разделением на основе гидрофильных взаимодействий (гидрофильная хроматография, HILIC). Как следствие, существенный интерес представляет разработка моделей предсказания времен удерживания биомолекул для гидрофильной хроматографии, аналогичных разработанным ранее для обращенно-фазового разделения. Существующие до недавнего времени подходы были практически исключительно основаны на суммировании индивидуальных коэффициентов удерживания аминокислотных остатков, эмпирически определяемых для конкретных условий разделения. В данной работе нами была предпринята попытка создания более общей модели для описания удерживания пептидов на стационарных фазах из немодифицированного силикагеля, основанной на термодинамической теории жидкостной критической хроматографии. Эффективность расширенной модели была продемонстрирована на примере хроматомасс-спектрометрического анализа смесей синтетических пептидов и гидролизатов белков.

Назад к содержанию

GroupFilter: программное решение проблемы дискриминации идентификаций масс-спектров высокого разрешения при работе поискового алгоритма Morpheus

T12N4

Марк Витальевич Иванов, Лев Игоревич Левицкий,
Анна Александровна Лобас, Михаил Владимирович Горшков Читать полностью

Идентификация пептидов в «скорострельной» протеомике методами тандемной масс-спектро метрии

Вернуться к оглавлению

T12N1

Идентификация пептидов в «скорострельной» протеомике
методами тандемной масс-спектро метрии: сравнение
поисковых алгоритмов

М.В. Иванов, Л.И. Левицкий, А.А. Лобас,
И.А. Тарасова, М.Л. Придатченко, В.Г. Згода,
С.А. Мошковский, Г. Митулович, М.В. Горшков Читать полностью

Pepxmltk — программа для конвертации результатов идентификации пептидов

T11N3

Pepxmltk — программа для конвертации результатов
идентификации пептидов на основе данных тандемной
масс-спектрометрии с использованием поискового
алгоритма X!Tandem

Марк Витальевич Иванов^1,2, Лев Игоревич Левицкий^1,2,
Ирина Алексеевна Тарасова¹, Михаил Владимирович Горшков^{1,2 Читать полностью}

Высокоэффективный анализ и идентификация пептидов и белков

ВЕРНУТЬСЯ К ОГЛАВЛЕНИЮ

T3N3

Высокоэффективный анализ и идентификация
пептидов и белков с использованием масс-
спектрометрии с квадрупольной ловушкой

В.Е. Франкевич, Р.Х. Зиганшин, Н.Б. Поляков, В.А. Гринкевич, А.С. Арсеньев Читать полностью

Современная масс-спектрометрия: пропорции развития

ВЕРНУТЬСЯ К ОГЛАВЛЕНИЮ

T3N4

Современная масс-спектрометрия:
пропорции развития

Б.Л. Мильман, Л.А. Конопелько Читать полностью

Альтернативные способы проверки масс-спектрометрических методов идентификации пептидов

ВЕРНУТЬСЯ К ОГЛАВЛЕНИЮ

T7N1

Альтернативные способы проверки
масс-спектрометрических методов идентификации
пептидов в задачах «скорострельной» протеомики

Антон Андреевич Голобородько¹, Корина Майерхофер²,
Александр Романович Зубарев², Ирина Алексеевна Тарасова¹,
Александр Владимирович Горшков³, Роман Александрович Зубарев²,
Михаил Владимирович Горшков^{1 Читать полностью}

Инверсия хроматографических порядков выхода пептидов

ВЕРНУТЬСЯ К ОГЛАВЛЕНИЮ

T8N4

Инверсия хроматографических порядков выхода
пептидов и ее значение в практике протеомных
исследований

Ирина Алексеевна Тарасова¹, Татьяна Юрьевна Перлова¹,
Марина Леонидовна Придатченко¹, Антон Андреевич Голобородько¹,
Лев Игоревич Левицкий¹, Виктор Викторович Евреинов², Вилем Гурыча^3,4,
Кристоф Д. Масселон^3,4, Александр Владимирович Горшков²,
Михаил Владимирович Горшков¹

¹ Учреждение Российской академии наук
Институт энергетических проблем химической физики РАН,
Россия, 119334, Москва, Ленинский пр., 38, корп. 2,
E-mail: iatarasova@yandex.ru
² Учреждение Российской академии наук
Институт химической физики им. Н.Н. Семенова РАН,
Россия, 119991, Москва, ул. Косыгина, 4
³ CEA, iRTSV, Laboratoire d’Etude de la Dynamique des Prote’omes,
France, Grenoble, F-38054
⁴ INSERM, U880, Grenoble, F-38054, France

Поступила в редакцию 04.08.2011 г.; после переработки — 10.10.2011 г.
В работе рассмотрено явление изменения (инверсии) порядка выхода пептидов в обращенно-фазовой жидкостной хроматографии при изменении условий хроматографического эксперимента, в частности наклона градиента. На примере стандартного гидролизата шести белков и доступных лите ратурных данных были сделаны оценки масштаба и значения этого явления в протеомных исследованиях, основанных на использовании методов скорострельной протеомики и точных массово-временных меток. Показана возможность качественного и количественного описания явления инверсии порядков выхода пептидов с использованием модели жидкостной критической хроматографии. Проведен сравнительный анализ существующих подходов к предсказанию разделения пептидов и направления сдвигов хроматографических пиков пептидов при изменении профиля градиентного элюирования.

ВЕРНУТЬСЯ К ОГЛАВЛЕНИЮ

Картирование протеома опухолевого плеврального выпота

ВЕРНУТЬСЯ К ОГЛАВЛЕНИЮ

T9N3

Картирование протеома опухолевого плеврального
выпота для поиска маркеров рака яичников

Валерий Евгеньевич Шевченко, Дмитрий Евгеньевич Макаров,
Сергей Васильевич Ковалев, Наталья Евгеньевна Арноцкая,
Нонна Рафаэльевна Погосян, Кирилл Иосифович Жорданиа

Читать полностью